Selanjutnya Isa berdoa, Semoga kesejahteraan dan keselamatan dilimpahkan kepadanya pada tiga peristiwa yaitu pada hari ia dilahirkan, pada hari ia wafat dan pada hari ia dibangkitkan hidup kembali pada hari Kiamat. Maka tidak ada seorang pun yang dapat memberi mudarat kepadanya dalam tiga peristiwa ini yang merupakan peristiwa-peristiwa paling sulit dan kritis bagi setiap hamba Allah yang hidup di dunia. Orang-orang Yahudi dan Nasrani mengingkari bahwa Isa a.s. pernah berbicara ketika masih bayi dan masih dalam gendongan. Mereka mengemukakan bahwa seandainya hal ini betul-betul terjadi tentu beritanya tersebar luas di kalangan masyarakat ramai, karena peristiwa itu merupakan hal yang sangat aneh dan sangat menarik perhatian. Mereka telah mengadakan penyelidikan ke mana-mana dan tidak menjumpai keterangan itu dalam kitab-kitabnya. Bagi kaum Muslimin peristiwa ini tetap menjadi suatu keyakinan karena tersebut di dalam Al-Qur'an yang pasti kebenarannya karena seandainya Isa a.s., tidak berbicara waktu kecilnya dan membersihkan ibunya dari segala tuduhan yang kotor tentu orang Yahudi akan melaksanakan hukuman rajam kepada Maryam, besar kemungkinan bahwa yang menyaksikan ucapan bayi itu beberapa orang saja yang jumlahnya terbatas sehingga tidak sampai tersebar luas di kalangan mereka.

Pada ayat ini Allah menegaskan bahwa Isa adalah seorang hamba Allah yang akan menjadi nabi dan akan diturunkan kepadanya Al-Kitab, yang mempunyai sifat-sifat dan akhlak yang mulia bukan sebagaimana yang dituduhkan oleh kaumnya, bukan anak zina dan bukan pula anak Allah sebagaimana yang diucapkan dan dipercayai oleh kaumnya di belakang hari. Apa yang diucapkannya sewaktu ia masih bayi dalam gendongan itulah ucapan yang benar dan tak dapat diragukan lagi meskipun kaumnya masih meragukan ucapan-ucapan itu dan menuduhnya sebagai tukang sihir. Dia bukan tukang sihir sebagaimana dikatakan orang Yahudi, bukan putra Allah sebagaimana didakwahkan oleh kaum Nasrani dan bukan pula Tuhan sebagaimana dikatakan golongan yang lain. Dia adalah hamba Allah yang akan diangkat menjadi nabi dan rasul.

Telah diterangkan dalam tafsir permulaan Surah al-Baqarah bahwa permulaan Surah-surah yang dimulai dengan huruf-huruf hijaiyah seperti Alif Lam Mim, Kaf Ha Ya 'Ain shad dan sebagainya termasuk ayat "Mutasyabihat" yang arti sesungguhnya hanya diketahui oleh Allah tujuannya agar jadi peringatan dan menambah perhatian tentang Al-Qur'an yang banyak mengandung hikmah dan rahasia yang mendalam.

Yang dibaca ini adalah penjelasan tentang rahmat Tuhanmu yang dilimpahkan kepada seorang hamba-Nya yang sudah tua, yaitu Nabi Zakaria a.s. ketika beliau berdoa supaya diberi seorang anak yang saleh. Nabi Zakaria berasal dari keturunan Bani Israil yang menjadi nabi setelah Nabi Yunus untuk memimpin kaumnya.

Yaitu tatkala beliau berdoa dengan suara lembut lagi menyendiri dalam mihrabnya, supaya diberi keturunan yang akan melanjutkan tugas kerasulan. Doanya itu sengaja diucapkan dengan suara yang lembut dan dalam keadaan sunyi, supaya terasa lebih ikhlas dan terkabul. Kemudian Al-Qur'an menyebutkan bagaimana bunyi doanya itu. Berdoa memang diperintahkan Allah kepada kita semua dengan tawadhu, yaitu rendah hati serta dengan suara yang lembut, tidak menjerit-jerit, seperti disebutkan dalam firman Allah: Berdoalah kepada Tuhanmu dengan rendah hati dan suara yang lembut. Sungguh, Dia tidak menyukai orang-orang yang melampaui batas. (al-A'raf/7: 55)

Nabi Zakaria dalam doanya antara lain mengemukakan, "Ya Tuhanku, sesungguhnya aku memohon terkabulnya doaku ini, karena beberapa sebab yang aku yakini akan membuka rahmat karunia-Mu. Pertama, aku telah mencapai usia yang sangat tua yaitu hampir sembilan puluh tahun, di mana aku sudah merasa tulang-tulangku sudah lemah, dan kelemahan kerangka badan itu mengakibatkan pula kelemahan yang menyeluruh dalam seluruh tubuhku, dan seorang yang sudah tua seperti aku ini, sangat pantas untuk disayangi dan dikasihani. Kedua, di kepalaku sudah penuh dengan uban, sehingga siapapun yang memandang kepadaku pasti menaruh belas kasihan dan tergerak hatinya untuk memenuhi permohonanku. Ketiga, aku selama ini belum pernah dikecewakan dalam berdoa kepada Engkau, Ya Tuhan, sejak aku masih muda, apalagi sekarang di mana kelemahanku telah nampak secara keseluruhan." Nabi Zakaria sendiri mengetahui bahwa jika doanya dikabulkan, akan membawa banyak perbaikan dalam bidang agama dan kemasyarakatan. Karena itu beliau melanjutkan doanya seperti disebutkan pada ayat berikut ini.

Dan sesungguhnya aku khawatir terhadap orang-orang yang akan mengendalikan dan memimpin umatku, karena tidak ada seorang pun yang dapat dipercaya di antara mereka itu, oleh sebab itu aku mohon dianugerahi seorang anak. Walaupun istriku mandul dan aku sendiri telah sangat tua, tetapi hal ini tidak menyebabkan aku berputus asa, karena percaya atas kebijaksanaan dan kekuasaan Allah Yang Mahaagung. Berputus asa memang dilarang oleh Allah, seperti pada beberapa firman-Nya, yaitu: "¦dan jangan kamu berputus asa dari rahmat Allah. Sesungguhnya yang berputus asa dari rahmat Allah, hanyalah orang-orang yang kafir." (Yusuf/12: 87) Dan firman Allah: "Dia (Ibrahim) berkata, "Tidak ada yang berputus asa dari rahmat Tuhan-nya, kecuali orang yang sesat." (al-hijr/15: 56)

Ayat ini menyebutkan isi doa Nabi Zakariya, Ya Tuhan, berikanlah kepadaku keturunan yang akan mewarisi aku dan mewarisi sebahagian keluarga Yakub dan jadikanlah ia seorang yang patut lagi taat dan diridai oleh-Mu, karena mempunyai akhlak dan budi yang luhur lagi mulia, dapat dijadikan suri tauladan oleh sekalian pengikutnya. Doa memohon keturunan yang saleh dan kelak menjadi pemimpin bagi orang yang bertakwa memang diperintahkan Allah, seperti pada firman-Nya: Dan orang-orang yang berkata, "Ya Tuhan kami, anugerahkanlah kepada kami pasangan kami dan keturunan kami sebagai penyenang hati (kami), dan jadikanlah kami pemimpin bagi orang-orang yang bertakwa." (al-Furqan/25 :74)

Dalam ayat ini Allah memberitahukan tentang dikabulkannya doa Zakaria a.s. dan pemberian nama putranya langsung dari Allah sendiri. Allah berfirman kepada Zakaria, bahwa sesungguhnya Allah memberi kabar gembira kepadanya, bahwa permohonannya untuk dianugerahi seorang putra akan terkabul, dan telah disiapkan pula supaya anaknya itu jika lahir diberi nama Yahya dan nama itu belum pernah diberikan kepada seorang pun sebelum dia.

Nabi Zakaria a.s. setelah diberitahu akan mempunyai seorang putra bertanya kepada Allah. Pertanyaan itu timbul bukan karena keragu-raguan tentang kekuasaan Allah, akan tetapi untuk mendapat penjelasan tentang caranya, karena beliau merasa sudah tidak mampu lagi untuk memiliki putra, dan istrinya mandul. Apakah beliau akan dijadikan seperti seorang pemuda lagi dengan kekuatan fisik yang cukup, atau istrinya akan dikembalikan menjadi seorang perempuan muda yang dapat melahirkan seorang anak, ataukah beliau harus kawin lagi dengan seorang perempuan lain yang tidak mandul? Karena Zakaria sangat gembira dengan berita akan mendapat seorang anak itu, dan beliau penuh dengan rasa keheranan tentang cara-cara pelaksanaannya, maka beliau tidak dapat menahan diri untuk menanyakan hal itu kepada Tuhannya. Maka dijawab dengan firman Allah pada ayat berikut ini: